O Conselho de Educação Escolar Indígena da SED MS é um órgão colegiado oficial da Secretaria de Educação de Mato Grosso do Sul, instituído para atuar sobre a educação escolar indígena. Sua missão é assegurar que essa modalidade educacional seja respeitada em suas especificidades culturais, linguísticas, pedagógicas, organizacionais e jurídicas. Isso inclui elaborar ou aprovar diretrizes, autorizar escolas indígenas, acompanhar políticas específicas, bem como promover a interlocução entre o Estado (SED), o Conselho Estadual de Educação, as escolas indígenas e as comunidades indígenas.